射干的主要病害有锈病，叶枯病和射干花叶病。

锈病，在射干幼苗和成株均有发生，锈病危害叶片，发病后呈褐色隆起的锈斑，防治方法如下。

农业防治，在秋后要清理田园，除去带病的枯枝落叶，消灭越冬菌源，增施磷钾肥，促使植株生长健壮提高抗病力。

生物防治法，射干锈病临发病前用2%农抗水剂喷雾，7~10天喷一次，然后视病情发展情况，掌握喷药次数。

射干叶枯病，射干叶枯病初期，病斑发生在叶子尖和边缘部，形成退绿色，黄色斑，呈扇面形扩展，后期病斑干枯，在潮湿条件下现灰褐色霉斑，防治办法如下。

药剂防治方法，在叶枯并发病初期，用50%多菌灵可湿性粉剂倍液或70%甲基托歩津可湿性粉剂倍液，等喷雾防治，每隔7~10天喷了一次，一般连喷2~3次。

生物防治法与射干锈病防治方法相同！

射干花叶病，主要表现在叶片上，产生褪绿条纹花叶，斑驳及皱缩，防治方法如下。

农业防治方法，种子处理，播种前用10%磷酸钠水溶液，浸种20~30分钟消灭毒源，田间发现蚜虫要及早灭蚜虫，发现病毒及时拔除并销毁。

药剂防治法，再用啶虫脒等化学药剂或苦参碱，植物园药剂控制蚜虫危害不能传毒的基础上，连发病之前喷施混合脂肪酸倍液，预防性控制病毒病发生，可缓解射干花叶病症状和蔓延。